《火影忍者》在嗶哩嗶哩（B站）下架的原因是由於B站與東京電視臺（東電）之間的合約問題。具體來說，B站之前購買了《火影忍者》的播放權，但由於合約到期或其他版權問題，包括《火影忍者疾風傳》和《博人傳》在內的多部作品被下架。此外，B站也曾因對東京電視臺的非會員插播條令不滿而下架了37部作品，其中就包括《火影忍者》。
版權到期或版權問題是導致《火影忍者》在B站下架的主要原因。在沒有獲得相應版權的情況下播放作品是違法的，可能會導致經濟損失，因此B站不得不遵守版權法規，將相關作品下架。對於粉絲來說，雖然無法在B站觀看《火影忍者》，但仍可以通過其他途徑在網絡上找到這些作品。