洗雞蛋的主要原因是去除雞蛋表面的污染和細菌，以確保食品安全。雞蛋在母雞體內形成時，可能會受到母雞消化系統中的細菌污染，尤其是在母雞吃了被污染的飼料或水的情況下。此外，雞蛋在運輸和儲存過程中也可能受到污染。雞蛋殼表面有成千上萬個肉眼不可見的細小氣孔，這些氣孔外原本有一層保護膜可以阻擋細菌入侵，但這層膜是可溶於水的。因此，清洗雞蛋後需要及時重建這層保護膜，以防止細菌通過氣孔進入雞蛋內部。
科學家在雞蛋殼上和雞蛋內都能檢測到可引起細菌性食物中毒和細菌性痢疾的沙門氏菌。這些細菌可能會在雞蛋孕育初期就侵入蛋內，形成「先天」污染。因此，在烹飪雞蛋之前，必須將雞蛋清洗乾淨，以去除表面的細菌。
需要注意的是，雖然清洗可以去除表面的細菌，但真正的食品安全還取決於整個養殖過程中對環境的控制、飼料和水的質量、雞的品種和健康狀況等因素。源頭的控制比加工清洗更為重要。