焦尾琴的寓意主要有兩個方面：
美琴的象徵：焦尾琴因其悅耳的音色和特有的製法而聞名，後來「焦尾琴、焦尾、焦桐、焦琴」等詞語被用來指代美琴，或者比喻歷盡磨難的良才、未被賞識的寶器。
良才的象徵：焦尾琴也用來比喻良才不得其用，或者遭受摧殘後幸免於難的情況。例如，「桐尾焦、桐爨、爨下桐、爨下殘、爨下余、良才入爨」等詞語就是用來描述這種情況。
此外，焦尾琴的由來還有一個故事：吳人有燒桐以爨者，蔡邕聽見木在火中的爆裂之聲，知道是上好木材，便請製成琴，果然琴聲優美。因琴尾已焦，人稱「焦尾琴」。這個故事也反映了蔡邕對音樂的熱愛和對琴的深入研究。