關於燭台嶼的故事較多，如下：
* 航海家的指引 。相傳在古代，航海家鄭和在遠航中迷失了方向，突然看見一島嶼，便登島休息並點燃燈塔以辨方向，後來燈塔被風雨所掩埋，僅留一燭台，最終演變成今日燭台嶼。嶼上盛產一種石頭，可以用來雕刻，因此留下了許多寺廟的石碑和石像，其中一些寺廟至今仍在島上存在。這個故事表達了古人對燈塔的依賴和保護自然景觀的情感。
* 情侶的故事 。在另一個版本中，燭台嶼是情侶的化身。他們因為種種原因不能在一起，他們只能隔海相望，但他們的愛情感天動地，化作了海中的島嶼。他們每天都會在島上低聲互訴衷腸，吸引了很多戀人的前來，見證他們的愛情。
此外，還有關於燭台嶼的詩詞歌賦等故事。這些故事賦予了燭台嶼豐富的文化內涵和傳說色彩。