玉琮主要有以下用途：
祭祀禮器：玉琮是古代用於祭祀神祇的一種禮器，特別是在《周禮春官大宗伯》中記載，玉琮用於祭祀地，象徵神權。它與玉璧、玉圭、玉璋、玉璜、玉琥一起被稱為"六器"，是中國古代重要的禮器之一。
權勢和財富的象徵：玉琮也被視為權勢和財富的象徵，後世又稱"輞頭"。
巫師通神的法器：玉琮被推測為巫師通天地敬鬼神的一種法器，帶有強烈的原始巫術色彩。
葬器：有學者推測玉琮是古代葬儀「玉斂葬」的用具。其用途也被納入儒家的禮儀系統中，成為禮器或葬器。
宇宙觀念的象徵物：張光直先生從玉琮內圓外方的形制猜測，玉琮是良渚文明天圓地方宇宙觀念的象徵物。
以上各種用途並非互相排斥，玉琮可能在不同的歷史時期和文化背景下，同時具有多種功能。