理藩院是清朝設立的專門管理邊疆少數民族事務的中央機構。
理藩院最初主要負責蒙古事務，但隨著清朝對更多地區的管理加強，其職責範圍逐漸擴大到包括蒙古、青海、新疆、西藏等邊境少數民族地區。理藩院的主要職能包括管理這些地區的爵祿、朝貢、定界、官制、兵刑、戶口、耕牧、賦稅、驛站、貿易、宗教等政令。此外，理藩院還涉及對俄羅斯的外交事務管理，特別是在洋務運動前。
理藩院的設立進一步加強了中央對少數民族事務的管理，有助於鞏固統一多民族國家。隨著清朝統治體系的調整和改革，理藩院在光緒三十二年（1906年）更名為理藩部，隨後在辛亥革命後被北洋政府改為蒙藏院。