染料與細胞成分的化學作用
瑞氏染色液的原理主要基於染料與細胞成分的化學作用。瑞氏染液由酸性染料伊紅和鹼性染料美藍組成，這些染料在甲醇中溶解後解離為帶正電的美藍和帶負電的伊紅離子。美藍在放置過久後可能會氧化，形成含有天青的化合物。這些化合物與伊紅結合，能夠使細胞核染成紫紅色，而胞漿則由於多餘的美藍而染成藍色。染色過程主要是化學作用，涉及離子之間的結合反應。
甲醇在瑞氏染液中起到重要作用，因為它具有強大的脫水力，可以將細胞固定在一定形態並增加細胞結構的表面積，從而提高細胞對染料的吸收作用。同時，甲醇吸附染色液中的水分，使染色液升溫，加速染色反應。此外，甲醇作為溶劑，使得瑞氏染料中美藍與伊紅在溶液中離解，從而使細胞成分能夠選擇性吸附其中的有色物質而著色。
在染色過程中，偏鹼性染料美藍與緩衝液中的酸基起中和作用，而偏酸性染料伊紅則與緩衝液中的鹼基起中和作用，以維持pH的恆定（pH 6.4~6.8，弱酸性）。這樣，細胞的不同成分根據它們的化學性質和等電點，與染料結合併顯示出不同的顏色。例如，血紅蛋白、嗜酸性顆粒作為鹼性蛋白質與酸性染料伊紅結合染成粉紅色，而細胞核蛋白和淋巴細胞漿作為酸性物質與鹼性染料美藍或天青結合染成藍色或紫色。中性顆粒等電狀態下與伊紅和美藍均可結合，染成紫紅色。