生物大分子相互作用是生命系統複雜性的重要特徵，它們在形成生命系統的幾乎所有方面以及調控各種生理和病理過程中發揮著至關重要的作用。這些相互作用包括蛋白質與蛋白質、蛋白質與DNA、蛋白質與RNA之間的互作，以及它們如何影響基因表達和細胞功能。
核心蛋白質互作網路對於理解生命系統的複雜性至關重要。蛋白質之間的相互作用在形成生命系統的各個方面以及調控各種生理和病理過程中發揮著核心作用。例如，EGFR-ERK/MAPK信號通路中的核心蛋白互作網路，展示了蛋白質互作的複雜性及其在信號轉導中的關鍵作用。
蛋白質與蛋白質的相互作用可以形成複雜的網路，這些網路可以被視為無向圖，其中每個節點代表一個蛋白質，每條邊代表一對蛋白質節點之間的相互作用。許多蛋白質不是以單體形式發揮作用，而是與伴侶分子或其他蛋白質一起工作，以執行特定的生物學功能。
肽類物質作為細胞間的化學信號，通過與細胞膜上的受體蛋白（如GPCR）相互作用，在情緒、行為、壓力應答、血壓、消化和癌症發展等方面發揮調控作用。這些相互作用依賴於非共價鍵，如疏水性相互作用、範德瓦爾斯力、氫鍵和靜電相互作用。
蛋白質與DNA的相互作用涉及特定的DNA結合蛋白，這些蛋白含有DNA結合結構域，能夠識別並結合到DNA上的特定序列。這種結合對於基因表達的調控至關重要。
生物大分子相互作用的研究方法包括噬菌體展示、酵母雙雜交技術、免疫共沉澱、染色質免疫沉澱技術、表面等離子共振、螢光共振能量轉移、串聯親和純化等。這些技術幫助研究者了解生物大分子相互作用的機制和生物學意義。