生物工程是一個綜合性的科學技術體系，主要套用生物學和工程學的原理來加工生物和生物加工，以服務於人類社會。生物工程主要包括以下幾個分支：
基因工程。這是生物工程的基礎，涉及遺傳物質DNA的直接操作和修改。
細胞工程。專注於細胞的培養、操縱和改造，以實現特定目的。
酶工程。涉及酶的提取、分離、純化和套用，以及酶和蛋白質的人工修飾和合成。
發酵工程。包括使用微生物進行發酵過程的技術，用於生產各種產品。
此外，生物工程的分支還包括蛋白質工程、生化工程、微生物工程等。這些分支技術相互依賴、相輔相成，共同構成了生物工程的廣泛領域。生物工程的套用範圍非常廣泛，包括醫藥、食品、農林、園藝、化工、冶金、採油、環保等多個領域。