番茄畸形果的原因主要包括以下幾點：
花粉管分化不完全。花粉管分化不良直接影響果實的正常發育，導致畸形果的產生。
溫度影響。高溫或低溫都會影響花芽的分化，特別是在高溫條件下，如超過30℃甚至35℃，番茄的花芽分化會受到嚴重影響，可能導致有花無果、坐不住果等現象；低溫，尤其是夜溫較低時，會影響花芽分化的過程，導致畸形果的形成。
光照不足。弱光條件會導致花芽分化延遲，減少花芽數目，導致畸形果的產生。
營養元素缺乏或過量。缺氮和磷會導致花芽分化晚；花期缺鈣或缺硼易產生畸形花；過量的氮磷鉀會抑制硼的吸收利用。
水分管理不當。土壤濕度過大或過度控水都會影響根系生長和礦質元素吸收，進而影響花芽分化，導致畸形果的形成。
解決措施包括培育壯苗、合理施肥澆水、及時整枝抹芽、控制氮肥施用量等，以促進番茄健康生長和減少畸形果的產生。