疏水氨基酸主要包括以下幾種：
色氨酸(Tryptophan)。它含有芳香環，使其具有疏水性。
苯丙氨酸(Phenylalanine)。它含有芳香環，類似於色氨酸。
纈氨酸(Valine)。它是支鏈氨基酸的一種，具有疏水性。
亮氨酸(Leucine)。它也是支鏈氨基酸，具有疏水性。
異亮氨酸(Isoleucine)。它是支鏈氨基酸，具有疏水性。
丙氨酸(Alanine)。它具有疏水性，因爲它的側鏈是一箇甲基。
脯氨酸(Proline)。它的側鏈是一箇環狀結構，使其具有疏水性。
蛋氨酸(Methionine)，也稱爲甲硫氨酸。它含有硫原子，賦予其疏水性。
這些氨基酸的側鏈通常不易溶於水，因此在蛋白質的三維結構中傾向於位於內部或與其它疏水氨基酸聚集在一起。