新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）疫情的起因尚未完全明確，但普遍認為與動物傳播給人類有關，尤其是與蝙蝠的接觸。病毒可能在蝙蝠等野生動物中傳播，而人類可能通過接觸感染或食用受感染的動物而感染。
最初的病例和疫情爆發地通常指向中國武漢的華南海鮮市場，但後來發現首名確診患者並無華南海鮮市場暴露史，也沒有發現與之後確診病例間的流行病學聯繫。因此，華南海鮮市場可能只是病毒傳播的「二次傳播」地點。
此外，病毒可能在更早的時間就開始在人群中傳播，但由於病毒潛伏期等因素，首個新冠病毒感染者可能在2019年11月或更早時候就已經出現了。隨著時間的推移，對病毒的了解也在不斷增加，例如病毒基因序列顯示其與禽流感病毒有關，可能通過飛沫傳播、直接接觸等方式傳播。
需要注意的是，這些信息是基於目前的研究和理解，未來可能會有更多新的發現和理解。