百香果的修剪方法根據不同的生長階段和栽培目的有所不同，主要包括幼苗期修剪、結果期修剪、採收後修剪、冬季修剪等。以下是詳細介紹：
幼苗期修剪。當百香果幼苗定植成活後，應插立支柱以引導主蔓上架，通常保留1~2條主蔓，並剪去過多側枝。當主蔓長到約1米高時，剪除頂芽以促進側蔓生長，每側保留2個側蔓，分向兩側生長，當側蔓長至2米時，剪除側蔓頂端，以促進次生側蔓生長。
結果期修剪。在每批果實採收後，對每個側蔓保留3~4節進行短截，促進新側蔓的生長。同時，夏季需要疏剪過密的枝條，剪除下垂拖延地面的枝條，保持通風良好。
採收後修剪。保留2~3節的果枝基部，以便新結果枝的萌發。修剪掉病蟲枝、瘦弱枝和殘枝，保留2個芽眼，並抹去基部和主蔓上的側芽嫩枝。
冬季修剪。在最後一批果實成熟後進行，以主枝為中心，一側保留約50厘米修剪。去除所有結果枝的卷鬚，疏剪過密或下垂的枝條。
此外，百香果樹的修剪還包括疏枝、短截、摘心等方法，疏枝是指將過密、交叉、病蟲害枝條等剪除，短截是將長勢過旺的枝條剪短以促進分枝，摘心則是將新梢頂端的幼嫩部分剪除以促進側枝生長。