保存皮蛋的最好方法有：
避免陽光直射，將皮蛋放在陰涼通風處即可，如後陽台等。注意挑選沒有破損、比較完整的皮蛋，一般可保存3個月左右並且風味不變。
如果皮蛋外面還包裹著黃泥稻殼，說明有一層堅硬的保護膜，直接放在陰涼通風且沒有太陽直射的地方保存即可，一般放上半年左右不會有任何問題，中間可以隨時觀察，調整一下位置以延長保存時間。
可以使用塑膠袋將皮蛋密封起來，放在常溫下進行保存。
請注意，皮蛋不適宜放入冰櫃保存，因為低溫會影響皮蛋的色澤和口感，改變其原有的醇厚清香的風味，降低食用價值。另外，如果皮蛋已經剝皮或者破損，需要及時食用或者丟掉，否則容易變質。