直營店和加盟店之間存在幾個主要區別：
產權關係和法律關係不同。直營店隸屬於總部，屬於同一資本所有，由總部直接運營和集中管理，總部和直營店之間的關係是隸屬關係，歸總公司統一調度；加盟店則是獨立主體之間的契約關係，資本相對獨立，與總部之間沒有資產紐帶，加盟店和總部之間的關係是契約關係，通過契約明確雙方的權利和義務。
管理模式不同。直營店由總部擁有所有權和決定權，自主權、創造性、主動性受限；加盟店的核心在於品牌總部對特許經營權的轉讓，加盟店具有相對的靈活性、主動性、自主性。
經營領域不同。直營店主要存在於商業和服務業中；加盟店的經營領域更為廣泛，可以涵蓋零售、服務、餐飲、教育等多個行業。
盈利模式和風險不同。直營店的盈利點主要來源於供應鏈能力帶來的利潤，風險相對較低；加盟店的盈利點由多維度構成，包括品牌使用費、原材料供應鏈利潤等，風險更多地取決於加盟者的經營能力和市場競爭情況。
運營支持和扶持不同。直營店由品牌公司提供全方位的運營支持；加盟店也會獲得品牌的運營支持和扶持，但程度可能因品牌不同而異。
這些區別使得直營店和加盟店在經營策略、管理模式和風險承擔等方面有所不同。