真菌在自然界中扮演著多種重要角色，主要包括：
作為分解者參與物質循環。真菌將動植物的遺體和遺物分解成二氧化碳、水和無機鹽，這些物質可以被植物重新吸收和利用，促進有機物的合成，從而在自然界的物質循環中發揮核心作用。
引起動植物和人患病。某些真菌通過寄生方式，從活的動植物體和人體中吸收營養，導致它們患病。
與動植物共生。真菌與動物或植物之間可以形成共生關係，相互依賴，如地衣是由真菌和藻類共同組成的複合生物體，根瘤菌與豆科植物的共生關係等。
對人類生活的益處。一些真菌可作為食物，如食用菌，它們不僅味道鮮美，還富含蛋白質、胺基酸、維生素和其他對人體有益的物質。
此外，真菌在生物地質過程中也發揮著關鍵作用，如促進岩石或礦物的風化，影響地球化學過程。