短鏈脂肪酸（SCFAs）是由1~6個碳原子組成的有機脂肪酸，也被稱爲揮發性脂肪酸。這類脂肪酸通常是由腸道內的有益細菌代謝膳食纖維等碳水化合物產生的。短鏈脂肪酸包括乙酸、丙酸、丁酸和戊酸等，其中結腸是主要的產生部位。
短鏈脂肪酸對人體的健康有重要作用。它們在腸道內能爲腸粘膜細胞提供能量，促進細胞代謝和生長，降低結腸內環境pH值，減少有害菌的生長，防止腸道功能紊亂。此外，短鏈脂肪酸還能抑制抗炎因子的生成，對結腸炎症起到抑製作用，並可能起到抗腫瘤的作用。
短鏈脂肪酸還通過多種機制促進宿主與微生物的交流，如作爲內源性代謝物生成的碳來源，作爲激活宿主G-蛋白偶聯受體（GPCRs）的信號分子，以及抑制組蛋白去乙酰化酶（HDACs），影響宿主基因的表達。它們對宿主的免疫系統也有影響，可以改善自身免疫性疾病和過敏症狀。
如果短鏈脂肪酸的水平異常，可能會導致機體的代謝功能紊亂。因此，保持適當的短鏈脂肪酸水平對維持人體健康是重要的。