《石之心》的主線故事圍繞著主角星盜集團的高級將領"暗中獵人"艾德瑞克·菲茲戈（Elderknoll）展開。他因為一場意外失去了記憶，被一個神秘組織所救，並逐漸揭開了這個組織以及整個大陸的秘密。
在遊戲過程中，艾德瑞克需要與各種角色互動，選擇不同的對話選項，這些選項可能會影響艾德瑞克的人格特質和故事走向。同時，他還需要解決一系列謎題和挑戰，以揭示隱藏在石之心中的真相。
總體來說，《石之心》的主線故事是開放的，玩家可以選擇按照既定劇情走，也可以選擇不同的路線或分支。通過自己的選擇，玩家可以影響故事的發展方向，體驗不同的劇情結局。