碇源堂的主要目的是調查和研究使徒的力量，同時利用這些力量來殲滅使徒。
碇源堂在人類進化研究所擔任所長職務，並在第二次衝擊後成為了NERV的司令，他在整個EVA系列中給人一種反派形象，他為了達到自己的目的，不惜犧牲他人，包括他的兒子碇真嗣，儘管他對綾波麗表現出一定的關心，但這種關心更多的是出於利用。
此外，碇源堂似乎也有自我成神的計劃，他希望通過控制初號機和亞當來實現這一目標，這與SEELE組織想要通過人類補完計劃實現人類靈魂與神融合的目的相吻合，碇源堂的最終目的似乎是在第四次衝擊發生時，與復活的妻子碇唯一起，阻止人類補完計劃的完成，從而避免人類被完全毀滅。