磁化杯的主要作用是通過磁化處理水，改變水分子的排列和氫鍵，從而提高水的活性。這種處理過的水（稱為磁化水）具有以下特點：
增強了滲透能力和溶解能力，能更好地滲透到細胞和組織中，有助於營養物質吸收和廢物排泄。
可能激活人體內某些酶的活性，促進新陳代謝和營養物質代謝。
改善微循環，提高身體免疫力。
對於某些疾病（如結石、高血壓、便秘）有預防和治療作用。
需要注意的是，磁化水的健康效果研究和證據有限，且並非所有磁化水都對人體有益。例如，只有負極磁化水被認為具有保健作用。此外，磁化水的效果可能在離開磁化設備後迅速減弱或消失。因此，使用磁化杯作為輔助健康手段可能有益，但應結合個人情況和健康目標謹慎考慮。