祈年殿的寓意主要包括以下幾點：
祈求豐收。祈年殿的名字意味著祈求年年豐收。
時間與季節的象徵。殿內的柱子布局寓意著春夏秋冬四季、12個月份以及12個時辰，體現了中國古人對時間流逝的象徵意義。
風調雨順與農業豐收。祈年殿的設計，如柱子的數量和布局，與中國的農曆和自然規律緊密相關，象徵著風調雨順和五穀豐登。
天人合一的哲學思想。通過其圓形建築外觀和內部結構，祈年殿體現了天行健、天道圓的精神，反映了天人合一的哲學思想。
數字的深層含義。殿內的28根楠木大柱不僅象徵著28星宿，而且整個建築不用大梁和長檁，僅用柱子支撐，展現了中國人對數字和結構的獨特理解。
總的來說，祈年殿是一個深具象徵意義和哲學思想的建築，它不僅是中國古代建築藝術的傑出代表，也是中國古代文化、宗教和哲學思想的集中體現。