祝香咒的作用主要包括以下幾點：
通真達靈，請神召將：通過燃燒香料產生的煙霧，將信徒的願望和祈求傳達給神靈。這一過程被視為一種與神靈溝通的方式，旨在通過誠心向神靈表達意願，以期得到神靈的庇佑和回應。
燃香功德，供養高真：燒香被認為是一種莊嚴壇場、盪除邪惡的行為，通過這種方式，信徒可以積累功德，以此供養神靈，並祈求國家昌盛、個人安康。
安神調息：某些香料具有使人心神寧靜、氣息和緩的作用，有助於修持者在靜坐、抄經或打坐時更容易進入專注和寧靜的狀態。
加強心靈信仰，辟邪：祝香咒通過加強信徒的心靈信仰，賦予信徒辟邪的能力，幫助信徒在精神上得到保護和淨化。
消災散禍，提示修持方法：如果信徒心誦神持，祝香咒被認為是一種靈驗的咒語，可以消除災難和不幸。此外，它還可以指導信徒如何正確地修持。
綜上所述，祝香咒不僅是一種與神靈溝通的工具，也是一種心靈淨化和精神修養的方法，同時也是一種積累功德和祈求福祉的宗教行為。