秘書處是許多組織中的重要組成部分，其基本職能主要包括：
在聯合國等國際組織中，秘書處是常設的行政機構，由秘書長和若幹辦事人員組成，這些辦事人員由秘書長根據聯合國大會的決議委任。秘書處的主要職責是為聯合國的其他機構提供服務，執行這些機構制定的方案和政策。秘書長，作為聯合國的行政首長，不僅負責領導秘書處處理行政事務，還有權將他認為可能威脅國際和平與安全的任何事件提請安理會注意。在國際爭端中，秘書長可以親自或委派代表進行斡旋、調停、管理、維護和平行動等。秘書長作為外交官、代言人、公務員兼執行長，象徵著聯合國的理想，並為全世界人民，尤其是窮人和弱勢群體仗義直言。
在高校學生會等組織中，秘書處負責協助主席團處理日常事務，管理學生會的日常工作，協調各部門之間的關係，促進學生會各項工作的順利展開。秘書處的工作內容包括但不限於組織協調機關的日常工作、負責重要事項的督辦、文電處理、檔案管理、對外聯絡等。