種子的結構主要包括種皮、胚和胚乳。以下是詳細介紹：
種皮。種子的外層保護結構，具有保護內部胚的作用，種皮的結構和性質根據植物的類別而有所不同，例如，裸子植物的種皮通常由多層組成，包括肉質層和石質層，而被子植物的種皮則更簡單，可能是單層的。
胚。種子內部最重要的部分，是新植物體的雛形，胚由胚根、胚芽、胚軸和子葉組成，胚根將來發育成植物的根，胚芽發育成莖和葉，胚軸發育成連線根和莖的部位，子葉則貯藏營養物質，被子植物的胚通常有兩片子葉，而單子葉植物的胚通常只有一片子葉。
胚乳。主要存在於被子植物和某些裸子植物種子中，胚乳是種子內用於儲存營養物質的區域，不同植物的胚乳中所含養分各不相同，在種子萌發過程中，胚乳中的營養物質會被子葉吸收，導致胚乳逐漸消失。