製作納豆的發酵過程通常包括以下步驟：
泡豆。選擇幹黃豆，清水浸泡約6至8小時，直到豆子膨脹。
蒸豆。將泡好的黃豆瀝乾水分，放入蒸鍋中蒸煮，使用高壓鍋時，蒸煮60分鐘；使用普通鍋時，蒸煮120分鐘，直到豆子變得柔軟。
添加納豆菌。將豆子放置至大約40至50度（不燙手），在一箇容器中加入納豆菌（一般爲粉末狀），加入少量清水溶解後，倒入蒸好的豆子中，攪拌均勻，可適量加入糖以調和口味。
發酵。將拌有納豆菌的豆子放入發酵容器中，確保容器乾淨無油。一些方法中會使用專門的納豆機進行發酵，而其他方法則是在普通容器中進行。發酵時間一般爲16至24小時，具體時間可能因環境溫度和使用的納豆菌種類而異。
後處理。發酵完成後，檢查納豆表面是否有一層白霜或粘稠物質，嘗試拉絲以檢查其質地。將納豆放入冰箱冷藏，可以進一步延長其保存時間並改善口感。
在食用前，可以根據個人喜好添加調味品，如生抽、青芥辣或豆豉油等。