使用索氏抽提器進行操作時，需要遵循以下步驟：
準備濾紙筒。將濾紙摺疊成筒狀，放入濾紙筒架中，確保濾紙筒的口部不高於也不低於濾紙筒架的金屬口。
放置脫脂棉。在濾紙筒底部墊一層脫脂棉，並壓緊，厚度大約2mm。
樣品準備。對於低油脂樣品（如糧食、飼料等），可直接稱取約2克粉碎樣品，精度至0.0002克。將樣品放入濾紙筒中，再蓋上一層脫脂棉，壓緊至濾紙筒口，然後將整個裝置放入鋁杯中，保持鋁杯內外清潔。
組裝儀器。將濾紙筒架和鋁杯轉移到托架中，拉上提把，將濾紙筒架吸附到上速節上，然後逐個裝上樣品。
加入溶劑。向每個鋁杯中倒入50ml的乙氧基乙烷或石油醚。
預熱加熱板。確保加熱板上沒有雜質。
安裝儀器。將托架裝入索氏抽提器中，壓下壓桿並鎖定。
浸泡和抽提。保持旋鈕在垂直位置，拉上提把，將濾紙筒架浸入鋁杯中的溶劑中，設定所需的溫度進行浸泡。浸泡時間參照說明書。浸泡完成後，拉下提把開始抽提過程，抽提時間也需參照說明書。
溶劑回收。抽提完成後，將旋鈕轉到水平位置進行溶劑回收，回收的溶劑在旋鈕上方的玻璃瓶中。
清理和關閉。溶劑回收後關閉電源。
此外，在使用前需檢查儀器的電源和水源是否正常連線，確保工作檯穩定，並根據需要調整儀器溫度和時間。實驗完成後，需對儀器進行徹底清洗和乾燥。