耐久跑的呼吸方法有幾種推薦：
全程鼻孔呼吸法。這種方法主張嘴巴微閉，通過鼻孔吸氣再通過鼻孔呼氣，慢跑時每跑三到四步進行一次呼吸。
鼻吸口呼呼吸法。這種方法的呼氣可以通過鼻腔或口腔進行，口腔呼氣有助於更有效地排出二氧化碳，慢跑時每三到四步吸一次氣，快跑時每一到兩步吸一次氣。
腹式呼吸法。這種方法是用鼻孔深深地吸氣，再用鼻孔或口腔深深地呼氣，吸氣和呼氣的幅度相當於平時的2至3倍。吸氣時橫膈膜下降，呼氣時橫膈膜上升。
此外，還可以嘗試將跑步的步伐與呼吸同步，例如每跑兩步吸一次氣，再每跑兩步呼一次氣，或者每跑三步吸一次氣，再每跑三步呼一次氣。但應避免3步一吸、2步一呼的比例，因為這樣的吸氣大於呼氣可能對肺部產生不良影響。同時，儘可能進行深呼吸，以促進血液流通和緩解肌肉疲勞。