耙吸船的工作原理主要基於真空吸塵器的原理，它通過置於船體兩舷或尾部的耙頭吸入泥漿，以邊吸泥、邊航行的方式工作。具體來說，耙吸船通過水泵將淤泥吸入船艙，水泵的吸口位於船的底部，吸入淤泥的同時還會將一些水一起吸入船艙中。當淤泥和水混合物進入泵後，葉輪開始旋轉，將淤泥和水混合物帶到了泵的出口，然後通過泵管將淤泥和水混合物排出到船艙中。
在艙記憶體儲了足夠的淤泥後，就需要將淤泥輸送到目的地了。這時，輸送管道將成為關鍵設備。輸送管道位於船的底部中央，將淤泥從船艙中輸送到目的地。輸送管道由耐磨損材料製成，以便能夠在淤泥腐蝕的環境中使用。
耙吸船的耙頭和耙齒都可以根據實際需要進行更換和調整。當船舶達到滿載或經濟裝載量時，停止挖泥，並航行至指定地點進行卸泥。卸泥操作方式分為拋泥,吹填,艏噴和回填。