肉豆蔻的炮製方法主要有以下幾種：
煨肉豆蔻（煨肉果）。首先洗淨肉豆蔻，取白面加水揉和包裹肉豆蔻。然後取蛤粉或滑石粉置鍋內加熱，將包好的肉豆蔻倒入，拌炒至外面的面呈焦黃色後取出，除去麵皮，趁熱切片。
蒸製。將淨肉豆蔻浸泡1小時後，放在籠內，交替鋪設麩皮和肉豆蔻，蒸約2小時，使油潤進麩皮內，然後去除麩皮和肉豆蔻皮，曬乾保存。
炒制。將小麥麵粉倒入鍋內，用文火炒熱，再將肉豆蔻倒入鍋中，炒至微黃色時取出，篩去麵粉，攤開晾涼，配方時搗碎。
土製。取細黃土加熱至發泡，倒入肉豆蔻不斷翻動煨至肉豆蔻熱透，油質滲出後取出，篩淨黃土後搗碎服用。
制霜。將肉豆蔻研碎如泥，用多層草紙包裹壓榨去油，反覆壓榨至去盡油為度。
這些方法均有助於最佳化肉豆蔻的藥效和減少副作用。