自主招生制度的弊端主要包括：
增加家長壓力。家長需要為孩子制定合理的招生計劃，這增加了他們的壓力。
教育資源浪費。自主招生的實施可能導致教育資源的浪費，因為學生的選擇不一定是最合理的。
教育公平性降低。自主招生可能導致教育公平性降低，因為家庭經濟條件較好的學生可以更容易獲得更好的教育資源。
浪費時間和精力。準備自主招生材料和參加考試可能會浪費學生大量的時間和精力，影響正常的學習和生活。
影響學習心態。自主招生過程的時間跨度可能導致學生心情浮躁，難以集中精力學習。
城鄉教育差距加大。自主招生可能加大城鄉教育差距，農村考生在自主招生制度上常常處於劣勢。
考試壓力和不確定性。自主招生需要參加額外的考試，帶來額外的考試壓力，成功率較低，面對巨大的競爭壓力和不確定性，可能會讓學生和家長感到焦慮和擔憂。
缺乏規範和監管機制。自主招生並沒有很好的規範和監管機制，容易出現信息不對等、欺詐等不良情況。
高校錄取方式不同。各個高校在實施自主招生時的自由度比較大，全國形成了不同標準的高校自主招生錄取方式，這在很大程度上分散了考生的精力，消耗了很多不必要的時間。
影響高中招生競爭力。自主招生提前錄取的學生將會一定程度上削弱高中的來年招生競爭力。
以上弊端使得自主招生制度在實施過程中需要更加謹慎和透明，以確保教育公平和提高效率。