自姓的起源主要有兩個說法：
出自媯姓。自的本義為象鼻，而舜的弟弟名為象，其部落以訓象為職業，因此象的子孫後代中有以自為姓的。《希姓錄》中認為是姬姓的後代，而《世本》則稱是自子姓的後代，但具體來源並不清楚。
相傳明洪武年間，由山西遷到山東滕縣東南定居的人們，起名自家莊，因此有以自為姓的家族，現已傳到28世。
此外，自姓也可能來源於彝族等其他少數民族的姓氏演化。例如，古哀牢國等彝族國家的歷史發展過程中，可能形成了自姓的家族。自姓現今在河北、河南、山東、山西、湖北、湖南、雲南等地有分布，且漢族、白族、彝族、傈僳族等民族中均有此姓。