自然疫源地是指某些野生動物體內長期保存某種傳染性病原體的地區。在這些地區，病原體可以通過特殊媒介感染宿主，並在自然界中循環，不依賴人類也能延續後代。在一定條件下，這些病原體可以傳染給人類，引起疾病流行。
自然疫源地一般可以分為三類：
自然疫源地帶。指自然疫源性疾病呈不連續的鏈狀分布的地區，如流行性乙型腦炎的自然疫源地帶。
獨立自然疫源地。由於地理或生態系的天然屏障而隔開的自然疫源地，如裏海西北部的鼠疫區。
基礎疫源地。指宿主動物喜歡棲息、病原體被固定而長期保存下來的小塊地區。
自然疫源地具有地區性和季節性的特點，並可能受到人類經濟活動的影響。對這些地區的研究和了解有助於預測和預防疾病的發生，以及消滅某些疾病的原始疫源地。