臭酸的製作方法有多種，主要包括以下幾種：
傳統製作方法。這種方法是使用獨山本地的野生的指甲花（鳳仙花）、木姜子洗淨晾乾，加上炒脆炒香的小麥，入壇發酵，數月即可食用。或者是將蔬菜煮爛做酵母，然後和吃剩的葷腥魚肉一起盛入壇內密封，大約一月以後即可。
蝦酸製作方法。這是臭酸的升級版，將當地河蝦洗淨，晾乾水，灑上鹽水拌勻，放置在木桶內，待其自然發酵變臭。同時另取野生毛辣椒、鮮紅辣椒去蒂清洗乾淨，晾乾水後裝入木盆，加入去皮剁碎的鮮子姜、大蒜，再加入糯米酒、鹽和發酵好的河蝦混合，按照特定比例拌勻，然後裝入壇內，密封兩個月後取出，再用攪拌機攪成蓉。
工業化製作方法。選擇新鮮無病蟲害的鳳仙花、佛手瓜、新鮮薄荷、新鮮紫蘇，清洗乾淨後烘乾，然後切割成碎條或碎丁。將這些混合物與食鹽混合後離心脫水，最後放入不鏽鋼發酵箱在15℃溫度下發酵20-30天。
這些方法展示了臭酸製作的多樣性和複雜性，每種方法都有其獨特的風味和製作過程。