船員的工作職責涵蓋了多箇方面，根據船員分工特點，貨船分爲甲板部、輪機部和事務部，而客船則將事務部歸併於客運部。船長是船舶的領導人，負責駕駛船舶和管理船舶，對駕駛船舶和管理船舶負全部責任。船員的工作包括全船的管理與駕駛，甲板部分的工作，貨物的配載、裝卸和運輸管理，駕駛任務，駕駛設備的技術管理，航海圖書資料管理，船舶航行、停泊、主管救生、消防設備的技術管理，帶領水手進行甲板的日常維護保養工作，跟隨高級船員負責正常的航行值班。
此外，船員還需要負責船舶機械推進職能，輪機部設備的安全和預防，監督、指揮裝卸船上運輸的貨物，對出入貨物進行清點登記，防止出現貨物丟失、混淆等問題。在港口工作時，船員還需要對船上的設備進行清潔維護工作，定期組織人員進行技術指導和愛國精神培養活動，按時對船上物資進行清查登記。
在船員管理方面，船員主管的職責包括制定船員招募計劃，負責船員部調配員的培訓、指導、考覈和監督管理，組織制定船員管理的相關制度並落實，保證船員日常換班有序進行。