花椒和藤椒雖然都屬於芸香科花椒屬植物，但它們之間存在幾個主要區別：
物種不同。花椒和藤椒是不同的物種，花椒的學名為Zanthoxylum bungeanum，而藤椒的學名為Zanthoxylum simulans。
味道不同。花椒的果皮是川菜中傳統痲香味的來源，而藤椒的痲味並不特別充足，但它具有特殊的清香味。
顏色和外觀不同。花椒的果實顏色是大紅色的，其葉子比較圓潤；藤椒的果實是青綠色和綠色的，葉子比較尖。
用途不同。花椒主要用於烹飪調味，特別是川菜和重慶火鍋；藤椒則主要用於製作調味料和藥物，在中藥中有廣泛套用。
分布和生長環境不同。花椒分布較廣，從東北南部至五嶺北坡，再到江浙沿海地帶和西南至西藏東南部；藤椒可以在全國各地種植，對海拔和氣溫的要求不高。
總的來說，花椒和藤椒在植物學意義上屬於同一屬的不同物種，它們在味道、顏色、外觀、用途以及分布和生長環境上都有所不同。