芽休眠的原因主要包括以下幾個方面：
環境因素。主要是溫度降低和日照縮短，這是引起芽休眠的主要環境因子。特別是日照長度，對多年生植物而言，通常長日照促進生長，短日照則引起伸長生長的停止以及休眠芽的形成。
內部因素。包括植物體記憶體在的抑制性物質，如脫落酸、氰化氫、氨、乙烯、芥子油、多種有機酸等，這些物質主要是由休眠促進物產生的。
遺傳因素。由植物細胞內的基因控制，這些基因可以隨時對外因如溫度、水分、營養、病蟲害等作出反應。
其他因素。如種皮障礙、胚不成熟等，過厚的種皮阻礙了種子對水分和空氣的吸收，或者種皮過於堅硬，使胚不能突破種皮向外伸展。未成熟的種子即使在適宜的環境條件下也不能萌發成長。