芽孢染色方法通常涉及以下步驟：
製備菌懸液。在潔淨的小試管中加入少量無菌水，然後用接種環從培養的菌種中挑取一定量的菌體，製成濃稠的菌懸液。
初染。向菌懸液中加入一定量的孔雀綠染液或鹼性品紅染液，充分混合後，進行加熱處理（如置於沸水浴中加熱15至20分鐘），以使染料充分滲透進芽孢和菌體。
塗片與固定。用接種環將菌液塗布在潔淨的載玻片上，製成薄膜，然後通過火焰固定或用其他方式進行固定處理。
脫色。用自來水輕輕沖洗塗片，直至流出的水中無染料顏色為止。
復染。使用番紅水溶液或其他染料對塗片進行復染，染色時間通常為1至3分鐘，然後用水沖洗，吸乾水分。
觀察。乾燥後，在油鏡下觀察染色結果。通常情況下，芽孢呈綠色，而菌體和其他結構呈紅色或特定顏色。
這種方法利用了芽孢與菌體對染料的親合力差異，通過不同的染色步驟使兩者呈現不同的顏色，便於區分。