苗族民歌的起源可以追溯到上古時期，由蚩尤、驩兜、盤瓠等苗族先民創造的文化所形成。在唐宋時期，苗族民歌在彭水縣地區已經相當興盛，當時的詩人許棠在《寄黔南李校書》中提到了「巴歌」，指的就是這一地區苗族先民的鄉土樂歌。隨著時間的推移，經歷了元明清時期的多次變遷，如「趕苗拓業」、「改土歸流」及「湖廣填四川」等，苗族民歌逐漸吸收了多種民族文化的元素，最終演變成為烏江流域少數民族地區具有代表性的民間音樂。
此外，根據苗族同胞間流傳的故事和歌謠，苗族民歌也被認為是源自大自然的聲音，如張郎劉妹以木葉、禾筒聲為媒喜結良緣的傳說，以及「田生田寶制歌唱，一班留下一班來」的歌謠，都反映了苗族民歌的自然起源和傳承。