莊園公領制是日本中世時期的一種土地制度，其核心特點是莊園和公領並存的多層控制結構。這一制度主要由兩部分組成：
莊園：
莊園最初是在班田制崩潰後形成的，中央貴族、大寺社和地方豪族通過強取豪奪進行大規模土地私有化。
莊園分為兩種：一種是中央貴族和大寺社的莊園，享有免於徵稅和檢地的特權；另一種是中小規模的莊園，它們通過名義上獻給權貴、寺社成為「領家」的莊園，以獲得「不輸不入」的權利。
隨著朝廷管制的加強，領家進一步將莊園進獻給更有權勢的皇族成員、大貴族和大寺社，即「本所」，莊園因此取得了司法、行政和徵稅權，形成了獨立的小王國。
公領（國衙領）：
公領指的是在國衙管轄下的私有地，原屬國家，後來也逐漸被私有化。
在平安中後期，隨著律令制的崩潰，朝廷不再進行班田，而是將土地租給有實力的農民或地方豪族耕種，並收取年貢。這種土地承包製度稱為「田堵制」或「負名制」。
莊園公領制大約產生於公元11世紀中後期至12世紀初期，在院政時期得到進一步發展，鎌倉時代前後達到鼎盛。然而，隨著地頭勢力的增強和守護權利的擴張，莊園公領制逐漸解體，到戰國時代已是名存實亡，並在豐臣秀吉的「太閤檢地」中徹底消亡。
綜上所述，莊園公領制是日本中世時期一種複雜的土地制度，它不僅反映了當時社會經濟的變遷，也體現了中央與地方勢力之間的博弈和權力平衡。