《菇菇攻略》主要包括以下幾個方面：
Theme菇菇解鎖。在遊戲中，按照主線任務進入不同的種植場景時，會發現一排Theme菇菇。解鎖這些菇菇的關鍵在於升級三種設備：光照燈、保溫燈器、加濕器。光照燈影響稀有菇菇的出現機率，保溫燈器影響菇菇的生長時間，加濕器則促進菇菇的快速生長。要種植出主題菇菇，首要任務是升級光照燈到頂級。同時，也需要提高保溫燈器和加濕器的等級。在種植過程中，如果遇到困難，可以使用任務獎勵的稀有藥品來增加稀有度。
收貨箱。在交付菇菇後，會獲得不同種類的小道具，這些小道具可以用來升級上述設備。例如蠟筆、珊瑚、優酪乳蓋、木板、電線或鑽石等。
小道具的使用。小道具還可以用來升級「菇菇食物器」和其零件，以及燈泡保溫加濕等設備。
圖書館的使用。除了種植設備外，圖書館也是一個重要的工具。在圖書館的圖鑑書中，可以根據主線任務的主題查看當前背景下的設定食物製作器。當食物機器和主題重合時，就可以得到升級設備的方向。
設備的升級。只要將設備升級到頂級，就一定能種植出Theme菇菇。