《菊花台》MV的故事情節如下：
* 開頭是一扇滿布歷史的紅門，這或許象徵著某種無法打開的隔閡。女主角出現在MV中，從台階上跑下來，輕輕推開那扇紅門，觀眾看到女主角的男主同學，男主角戴著眼鏡看起來很斯文，但是他眼睛周圍有化妝過的痕跡，像是眼淚流過。
* 鏡頭切換到一家名為“玉清”的寺廟中，這可能代表愛情的純淨。女主角獨自來到這裡，她找到了一本帶照片的影集，突然，鏡頭拉近，照片中的人正是男主角。
* 接下來出現了經典的《菊花台》詩句“你的淚光柔弱中帶傷，慘白的月彎彎勾住過往”。
* 男主角在車禍中喪生，只留下一張車票和一地的菊花。女主角在男主角的墓前哭泣，她手裡拿著一隻戒指，身後是漫天的菊花。
MV通過這些場景描述了男女主角的愛情悲劇，以及男主角的死亡。