菠菜的施肥主要包括基肥和追肥兩個部分。基肥是在播種前施用的肥料，目的是為菠菜的生長提供充足的營養，播種初期，春季菠菜可以施用有機肥4000~5000千克/畝，以及45%通用複合肥40~50千克/畝。夏季菠菜適用於中性粘性土，可以選擇噴施土壤與化肥混合物的基肥，如畝施土壤肥3000千克/畝，過磷酸鈣和硫酸鉀各10~15千克/畝，以及高氮高鉀複合肥40~50千克/畝。秋季菠菜可以施用有機肥4000千克/畝，過磷酸鈣30~40千克/畝或高磷複合肥25千克/畝。追肥是在菠菜生長過程中施用的肥料，用於補充土壤中營養元素的不足。春季菠菜中後期，每畝可以配施氮肥15~20公斤或高氮複合肥10~15公斤。夏季菠菜在高溫季節播種時，可以在23片真葉出現後施用1~2次有效氮肥，10~15千克/畝。秋季菠菜幼苗出土生長為4片真葉時，應分期施用3次有效氮肥，每畝追施氮20~25千克/畝或高氮複合肥15~20千克。冬季菠菜需要長時間休眠，在越冬之前，可以施用一次通用複合肥。
除了基肥和追肥外，還可以進行葉面施肥，噴施2~3倍的微量元素溶液，如Fe、Zn、Mn、B等，以提高菠菜的抗性和促進生長。同時，菠菜是一種喜肥作物，喜歡在疏鬆、保水保肥能力強的土壤上生長。草木灰是一種常用的肥料，可以提高土壤的pH值，改善土壤結構，並含有菠菜生長所需的鉀、磷等礦物質。
施肥時要注意不要過量，以免燒傷植株。同時，根據土壤和菠菜的生長情況適時調整施肥量和類型。