在《薩爾達傳說曙光公主》中，時之神殿故事主要描述時之王女凱拉克斯為了找尋失去的時之水晶來阻止神奧魔王的復仇，前往異次元空洞探險的故事。時之王女以進一步修練身體的經驗，提供其範圍內的人民水與陽光能量進行兩者互動供給。玩家要保護卡佩納公國不遭暗黑之水晶控制公國大軍和領土。玩家利用遠程魔法協助村莊免於崩毀，阻止時之王的軍隊攻進來。
此外，時之神殿中，時之水晶與公主凱拉克斯的身世秘密相關聯，且在殿內還有能夠召喚神殿的守護者的結界。守護者需要被喚醒才能解開結界，需要主角在時之迴廊的圖騰內完成冥想才能喚醒，最後冥想的光環消失才能通過迴廊和前往最後神殿。
總的來說，《薩爾達傳說曙光公主》中的時之神殿是一個充滿神秘和冒險的地方，有著豐富的故事情節和挑戰等待玩家去探索。