《塞爾達傳說：王國之淚》的主線任務包括多個階段，以下是任務的詳細介紹：
初始空島任務。在初始空島，玩家需要找到並探索四座神廟以打開時之神殿的大門，完成「禁閉之門」任務。隨後，玩家應前往監視堡壘與普爾亞對話，以解鎖「前往海拉魯大地」的任務。
海拉魯大地任務。跳下空島前往海拉魯大地，完成「前往海拉魯大地」任務。在城堡中與搜尋隊隊長霍司塔對話，然後返回監視堡壘與普爾亞對話。接下來，前往監視堡壘的鳥望台以解鎖滑翔傘，並與普爾亞對話以解鎖「調查四區域的異變」任務。
調查四區域的異變。開啟四賢者線任務。玩家應前往利特村並與英帕對話，以解鎖「英帕與地上圖畫」任務。完成此任務後，玩家將獲得尋找11個龍之淚的任務，這包括找到最後一個龍之淚並揭露白龍的身份。
四賢者線任務。其中包括卓拉領地、鼓隆城、利特村和格魯德小鎮的任務。玩家需要找到大王、射中帶有鱗片的箭、穿過水滴、找到卓拉盔甲等。
海拉魯城堡的異變。在監視堡壘與普爾亞對話後觸發。玩家需要先完成「調查四地區的異變」任務，然後前往飄上天空的海拉魯城堡，跟隨任務指引直至與幻影加農戰鬥。戰鬥勝利後，加儂道夫出現，玩家需要回到監視堡壘與普爾亞對話，完成「尋找第五位賢者」和「丟失的勇者之劍」任務。
城堡內部任務。包括與帕雅和塔烏洛對話、使用通天術進入空中遺蹟、為遺蹟內石板上的文字拍下照片等。
完成這些任務後，玩家將揭露更多關於塞爾達傳說和王國之淚的故事線索，同時解鎖新的遊戲功能和裝備。