藩校是日本江戶時代至明治初年藩政時代各藩經營管理的學校總稱。這些學校主要招收藩士子弟，實施儒學教育，學頭和教師多為朱子學派的儒者。藩校以習武和修習儒學為主，向武士子弟傳授武藝和學問之道。藩校的辦學費用由地方藩府財政撥款支持，藩士子弟不僅不用負擔學費，成績優秀者還有可能獲得類似獎學金的補助。
幕府末期，藩校新建的目的是培養富國強兵、改革藩政的人才，招生對象略有放寬，允許上層平民子弟入學，除傳授儒學外，還增加國學、醫學、英語、兵學、算術、天文學等課程。明治維新後，廣開校門，招收一般平民子弟，增設多種洋學課程。1872年《學制令》頒布後，多數改為中學校。
隨著明治政府推行「廢藩置縣」，藩校被廢止。翌年，日本頒布教育改革條例，各地藩校便直接或間接成了新學制中各種初等、高等學校。例如創立於1664年的會津藩「日新館」後來成了福島縣立高等學校；仙台藩創辦於1783年的「明倫養賢堂」是今天東北大學醫學部的前身。