蛋白互作研究方法主要包括以下幾種：
酵母雙雜交技術。這種方法主要用於篩選互作蛋白，但存在假陽性高的缺點，常需通過免疫共沉澱或GST pull-down實驗進行驗證。
免疫共沉澱(Co-IP)。這是基於抗體和抗原之間專一性作用的經典方法，用於研究蛋白質在完整細胞內的相互作用。通過使用偶聯有特定抗體的磁珠來沉澱目標蛋白，然後檢測與其結合的其他蛋白。
GST pull-down實驗。此技術是驗證酵母雙雜交系統結果的有效體外試驗。通過構建靶蛋白與GST的融合蛋白，然後在體外進行表達和純化，最後通過親和層析的方式捕獲與之相互作用的蛋白。
噬菌體展示技術。此技術利用噬菌體作為載體，將單克隆抗體的DNA序列連線到噬菌體外殼上，用於篩選特定蛋白質相互作用對。
等離子共振技術(SPR)。這是一種新型技術，利用納米膜吸附誘餌蛋白，通過光學感測器技術檢測蛋白質之間的相互作用。
螢光能量轉移技術(FRET)。這種方法廣泛用於研究分子間的距離及其相互作用，結合螢光顯微鏡，可定量獲取生物活體內蛋白質的時空信息。
以上方法各有優劣，適用於不同的研究目的和條件。在實際套用中，研究者會根據具體需要選擇合適的技術或結合使用多種技術來深入研究蛋白質相互作用。