蛋白質是由一條或多條肽鏈構成，而一條肽鏈是由許多個胺基酸分子連線而成。α胺基酸的通式是R|H2N—C—COOH | H，其中R是特殊的基團，有很多種，它決定了胺基酸的種類。自然界中自然存在的胺基酸都是α胺基酸，人工合成的還有β胺基酸等。因此，肽鏈、蛋白質沒有固定的化學式。
蛋白質的四級結構如下：
一級：胺基酸（通過脫水縮合形成肽鍵）構成一條肽鏈的順序。
二級：單肽或多肽盤繞摺疊產生空間結構。
三級：在二級的基礎上繼續摺疊。
四級：具有至少兩條肽鏈的兩個蛋白質之間的結合。
由於蛋白質的種類較多，沒有固定化學式，通常由C,H,O,N,S組成。不同的蛋白質有不同的化學結構，命名也不同。因此，蛋白質沒有具體的化學式，不同的蛋白質之間差異非常大，很難用一個統一的形式把它們表示出來。