補交增值稅的會計分錄主要包括以下幾個步驟：
計提補繳的增值稅。這一步主要是調整損益，借：以前年度損益調整，貸：應交稅費—增值稅檢查調整。
將查補的增值稅轉出。這一步是將應交稅費從未交增值稅中調整出來，借：應交稅費—增值稅檢查調整，貸：應交稅費—未交增值稅。
實際補交增值稅。這一步是企業實際支付稅款的過程，借：應交稅費—未交增值稅，貸：銀行存款。
結轉損益調整。這一步是將稅收滯納金收入部分轉化為累計利潤，借：利潤分配—未分配利潤，貸：以前年度損益調整。
對於補交增值稅時產生的滯納金，應記入營業外支出。