西瓜枯萎病的防治方法主要包括：
輪作倒茬。與禾本科作物如玉米、水稻等進行5到6年的輪作，有條件的可以進行水旱輪作，以減少病菌基數。
選用抗病品種。選擇經過抗病育種的西瓜品種。
科學配肥。施肥應以有機肥為主，化肥為輔，合理施用氮磷鉀複合肥，同時注意微量元素如鋅和硼的補充。
土壤處理。播種前進行土壤消毒，可以使用藥劑如「1%抗枯寧」或「70%惡霉靈可濕性粉劑」進行土壤澆灌。
種子處理。使用0.1%的高錳酸鉀溶液浸種8到10小時，然後催芽。
科學的田間管理。避免地勢低窪、積水、過度密植等有利於病害發生的條件，同時注意控制環境濕度，保持通風良好。
培育無病新土育苗。選擇無病的新土或糖土、稻田土育苗，並進行苗床消毒。
此外，還可以採用嫁接技術，使用南瓜或葫蘆等根系發達的植物進行嫁接。需要注意的是，化學防治雖然有效，但長期使用易產生抗藥性並可能對環境造成污染，因此應謹慎使用。