親緣鑑定的原理主要基於遺傳學和DNA分型檢測技術。
通過比較不同個體之間的DNA序列，特別是那些在遺傳上密切相關的個體，如父母與子女、兄弟姐妹、祖父母與孫子女等。由於每個人的DNA序列是獨特的，而且這些序列在遺傳上通常是穩定且多態的，因此通過比對DNA序列中的特定遺傳標記，可以確定個體之間的親緣關係。這種技術可以套用於多種親緣關係鑑定，包括父系、母系以及更廣泛的家族譜系鑑定。
此外，親緣鑑定的結果還受到孟德爾遺傳定律的影響，特別是在確定父母與子女之間的親生關係時。這些定律包括基因的分離和組合規律，以及特定的等位基因分離模式。